校訓：

禮‧義‧廉‧恥

聖善學校的前身為要理識字班，於1895年由嘉諾撒仁愛女修會修女為當地的兒童開設。至1911年，修女所辦的識字班已有男女學生共七十人，校舍設在嘉模聖堂旁。後由嘉模聖母堂主任司鐸司徒澤雄神父接管校務，取名聖善學校。澳門土生葡人稱之為Escola Dom João Paulino，意思是鮑理諾主教紀念學校。2000年，天主教澳門教區委任張冠威先生出任校長一職，為使學校不斷進步和發展，於翌年增設一間可容四十五人的多媒體教室，為IT教學邁出第一步。2003年，應教育暨青年局邀請進行學校綜合評鑑，成為全澳第一所通過學校綜合評鑑的學校。

2009年8月，澳門教區主教委派玫瑰道明傳教修女會管理校務，其後修會調派李秀明修女接任校長之職至2015年8月退休。

2015年9月由吳世華女士接任校長之職，繼續以「開心、信心、愛心、希望」為辦學願景，發揚基督的仁愛精神，服務他人，與時俱進，開拓創新，與師生共建和諧的校園。

辦學理念：

發揚基督「愛」的精神，實施生命及靈性的教育。讓學生在德、智、體、群、美、靈各方面全面發展，形成健全的人格。在發展學生內在潛能的同時，提昇學生的成就感及對學校的歸屬感，營造一個和諧的校園。引領學生渡過一個豐盛的、快樂的校園生活，從而感受生命的喜悅、平安的喜悅和服務的喜悅。