校訓：

在謙遜中行仁愛，在仁愛中行謙遜。

1960年初，已故戴維理主教，鑑於筷子基附近兒童失學者眾，便籌撥款項，請求政府撥出地段，在筷子基北街興建新校舍，並於1961年12月26日落成啟用，取名真福瑪大肋納嘉諾撒社會服務中心，附設小學。從此，教會便在該地區展開各種社會福利服務工作，該中心及學校的各項設備如：教材、圖書、藥物等一概由美國天主教福利會慷慨捐贈。

至1968年，該校學生人數大增，校舍不敷應用，有見及此，澳門天主教教區及美國天主教福利會捐出款項，加以擴建。同年6月6日，正式落成啟用。同時，該地區居民生活環境已大有改善，教會便結束該中心的福利工作，專志辦學，以迄至今。

瑪大肋納嘉諾撒學校是一所隷屬天主教澳門教區學校，於2017/2018學年正式改名為聖瑪大肋納學校，以「基督精神」和「完人培育」為基本宗旨，一直堅持以「寬容」和「仁愛」為辦學和治校的標杆，致力於福音精神的傳承，培養學生成為胸懷信望，齊備愛心、身心健康和勇於承擔的人，為學生的全面發展和終身學習奠基。特別關懷及照顧那些貧困的學生，是聖瑪大肋納學校的辦學理念之一，致力做好融合教育是學校使命的重中之重。故此，學校自創校以來，仍勿忘初心，自應欣然接受教學各項使命。學校亦期望教師在教學育人的過程中，獲得專業成長的持續動力。

隨著澳門社會的不斷發展，近年人口出生率陸續上升，筷子基區學位顯見緊張，唯學校校舍空間和課室嚴重缺乏，限制了收生人數。2017/2018學年，為配合聖瑪大肋納學校的整體發展、優化學生的學習環境和滿足筷子基區的學額需求，天主教澳門教區首牧李斌生主教重新規劃教區學校方案，並獲教育暨青年局的同意，批准學校在澳門老人院前地14號（前聖玫瑰學校）開辦聖瑪大肋納分校。

2019年獲澳門特別行政區政府頒授 2018 年度「教育功績勳章」。

聖瑪大肋納學校是一所以「基督精神」和「完人培育」為宗旨的天主教學校。學校以信、望、愛為師生信仰的核心，以「寬容」和「仁愛」為辦學與治校的標杆，致力於育人、傳揚和實踐福音精神。