校訓：

燃點火炬

聖保祿學校於1971年9月落成啟用，由天主教澳門教區交予慈幼會會士余佩麒神父管理。為了感念已故澳門教區主教──戴維理主教（D. Paulo José Tavares） 對學校所作出的貢獻，余神父將學校定名為「聖保祿學校」。1997年，澳門教區委託道明會接任管理聖保祿學校校務工作。1999年，獲得教育局的批准及認可，將高秉常幼稚園易名為聖保祿學校幼稚園。自此，聖保祿學校便成為一所從幼稚園、小學、初中到高中的「一條龍」學校。

2005 年，適逢建校35週年，一座五層高的教學樓擴建啟用。「聖大雅博科學樓」設有不同的特別教室。擴建計劃優化了學校的教學環境，以滿足21 世紀學校所需的要求。2011/2012學年，推行富前瞻性且創新的「課室2012計劃」重建企業級科技基建設施，支援一人一電腦，摒棄傳統學校教育的死記硬背和被動式學習。讓學校成為第一間全面使用科技輔助教學、無紙化的學校。2013年，落成啟用的「林家駿主教紀念大樓」更顛覆了傳統教育方法，大樓所有教室均滲透科學和新穎技術的元素，讓學生能隨時、隨地、隨心學到他們想學的東西。

2019/2020學年，提升學校文化與管理品質，改革行政架構，完善制度，優化機制，授權管理，提升效率。2020/2021學年，班主任進行三年循環制，使得教師有更充足的時間全面深入地瞭解學生，並與家長建立有效溝通機制。2023年，「學生成長發展中心」開幕，中心主要是開展預防教育及推廣心理健康教育。