在1989年，澳門正值社會及經濟的轉變，加上博彩業的發展，很多家庭在生活上面對不同的挑戰及困難，甚至因賭博行為而導致家庭破裂。善牧會的修女們為了更能彰顯善牧的特恩及回應當時澳門社會的需要，以救助更多有需要的婦女及其子女，縱使當修女們也在不同社會服務機構從事照顧女性長者、婚姻及個人輔導工作，這些機構包括在有安老院、澳門公教婚姻輔導會（現改名為澳門天主教美滿家庭協進會）和澳門政府監獄，修女們也決定把女生宿舍服務轉變為向處於危機狀態下的婦女們提供短期庇護服務。

1990年6月善牧會修女正式成立一間婦女危機庇護院舍—善牧中心，為處於危機狀態下的婦女及其子女提供一個安全和友愛的「家」。她們包括有家庭暴力受害者、人口販賣受害者、剛出獄的婦女、未婚懷孕的少女、被性侵受害者、等待辦理證件（需被遣送回國）的婦女等。

服務對象：

處於困境中的女性及其子女

主要服務內容：

1.短期庇護服務

2.個人輔導

3.小組活動（教育性課程及康樂性活動 / 課程）

4.社會企業服務

5.關注婦兒權益，社區教育工作